В 1975 году в институте было принято решение об издании серии тематических сборников под общим названием «Археология и этнография Марийского края» (АЭМК). Серия призвана способствовать введению в научный оборот вновь выявленных материалов археологических и этнографических экспедиций, широкому обсуждению и обобщению результатов научных исследований. За 1976-2007 годы издано 30 выпусков.
Публикуемые в них статьи опирались главным образом на первичные (полевые) материалы, отражающие историю заселения, хозяйственного освоения края, своеобразие древней истории и этнокультурного развития марийского народа.
Первый выпуск АЭМК (редакторы Г.А. Архипов и Г.А.Сепеев) был посвящен изучению древних и современных этнокультурных процессов в Марийском крае. Во втором выпуске рассмотрены вопросы истории и культуры волосовских и ананьинских племен среднего Поволжья, в третьем опубликованы материалы симпозиума «Лесная полоса Восточной Европы в начале эпохи раннего металла (волосовско-турбинское время)», проведенного МарНИИ совместно с Институтом языка, литературы и истории им. Г. Ибрагимова Казанского филиала АН СССР.
В следующей совместной работе археологов, этнографов и историков (АЭМК, вып. 4) освещалась история развития хозяйственной деятельности и состояние ее традиционных отраслей на территории края со времен становления производящих видов хозяйства до ХХ века.
В пятом выпуске серийного издания, посвященного материальной и духовной культуре марийцев, были подведены первые итоги археологических, этнографических и антропологических исследований в Марийском научно-исследовательском институте, рассмотрены особенности традиционной материальной культуры горных и луговых мари, бытовые функции марийской сельской общины, положение марийской женщины в семье, а также некоторые тенденции изменения религиозных верований и культовой практики мари.
Отдельный сборник (вып. 6) был посвящен характеристике поселений и жилищ Марийского края. В нем получили освещение тенденции развития городищ, селищ и жилищ древних насельников края, история расселения горных мари, особенности типологии и планировки марийских поселений.
Довольно содержательным получился сборник об актуальных проблемах историографии и источниковедения археологии и этнографии Марийского края (вып. 7). Авторы попытались обобщить результаты археологических исследований отдельных периодов древней истории края, охарактеризовать археологические и этнографические источники, деятельность отечественных и зарубежных ученых по изучению материальной культуры, хозяйственных занятий, общественной и семейной жизни, религиозных традиций марийцев.
В 80-ые годы ХХ века марийские этнографы большое значение придавали изучению вопросов формирования и развития этнокультурных традиций марийского народа во взаимосвязи с культурой соседних народов. Стало обращаться внимание на выявление общих традиций в культуре волжских финно-угров, этнокультурные взаимоотношения марийского и русского населения Среднего Поволжья, межэтнические связи населения Марийского края (АЭМК, вып. 10, 11, 20). В 1988 году усилиями археологов и языковедов был подготовлен сборник, посвященный вопросам этногенеза и этнической истории марийцев (АЭМК, вып. 14).
В 1984-1985 годах этнографы института участвовали в массовом статистико-этнографическом обследовании населения Марийской АССР, проведенным совместно с сотрудниками сектора народов Прибалтики, Поволжья и Европейского севера СССР Института этнографии АН СССР. Главным объектом изучения стала марийская социалистическая нация: ее современное состояние.
Результаты статистических обследований нашли отражение в докладах и выступлениях, прочитанных на Всесоюзной научной сессии по итогам полевых этнографических и антропологических исследований 1984-1985 годов, состоявшейся в г. Йошкар-Оле в октябре 1986 года и научно-практической конференции по итогам статистико-этнографического обследования населения Марийской АССР, состоявшейся в г. Москве в мае 1988 года. Эти доклады и выступления были опубликованы в двух сборниках АЭМК (вып. 16, 18).
В 1980-е годы марийские этнографы провели 36 самостоятельных выездов в этнографические экспедиции и участвовали в составе 10 экспедиций, проводимых другими научными учреждениями. Были изучены все этнографические группы мари, этнографы побывали во всех районах республики. В эти же годы состоялись этнографические экспедиции сотрудников Института этнографии и антропологии АН СССР, Государственного музея этнографии народов СССР, Республиканского научно-краеведческого музея Марийской АССР, Казанского государственного университета, а также финских ученых Национального музея Финляндии. Результаты этих экспедиций нашли отражение в специальном сборнике «Полевые материалы Марийской этнографической экспедиции 80-х годов» (АЭМК, вып. 22).
За последние 10 лет этнографы института выпустили три сборника из серии АЭМК, посвященные этнической культуре, вопросам этносоциальной истории марийского народа, проблемам его этнографии, истории и культуры. Каждый из сборников был посвящен творческой деятельности известных ученых-этнографов Г.А.Сепеева, К.И.Козловой, Т.А.Крюковой.
Большое значение в сборниках придавалось изучению социальной истории марийского народа: формированию древнемарийской государственности, доклассовой социальной структуре марийцев XV – XVI веков, раскрытию особенностей проявления этнического самосознания и национального идентитета финно-угров и марийцев (АЭМК, вып. 28, 29). Участие в обсуждении этих вопросов историков, литературоведов, фольклористов, социологов дало возможность увидеть широкий спектр вопросов, требующий целенаправленных научных исследований.
30 выпуск – «Проблемы первобытной и средневековой археологии Волго-Камья» издан в 2007 году и посвящен 50-летию Марийской археологическокй экспедиции.
Последний на сегодняшний день 31 выпуск – «Вопросы археологии эпохи камня и бронзы в Среднем Поволжье и Волго-Камье» издан в 2015 году и посвящен 75-летнему юбилею известного российского археолога Валерия Валентиновича Никитина.