В 1992 г. в Сыктывкаре состоялся Всемирный конгресс финно-угорских народов, в ходе которого была признана необходимость учреждения научного журнала для освещения проблем языка, этнической истории и культуры финно-угорских народов.
В 1993 г. в г. Йошкар-Оле был образован Научный центр финно-угроведения (НЦФУ) при МарНИИ, который принял решение о создании журнала. А в 1994 г. был основан российский научный журнал «Финно-угроведение» и вышел в свет его первый номер.
Главным редактором журнала был утвержден доктор исторических наук, профессор К.Н. Сануков. Ответственным секретарем редакции назначили кандидата исторических наук, ведущего этнолога Т.Л. Молотову. Была определена ежеквартальная периодичность издания.
К настоящему времени вышло в свет более 60 выпусков. В издании сложилась определенная структура рубрик. Основное место отводится статьям теоретического и научно-исследовательского характера и сообщениям по циклу гуманитарных наук, изучающих финно-угорские этносы. Специальный раздел включает критические статьи и рецензии на новые книги. Особая рубрика содержит персоналии и хронику.
Важное место в деятельности редколлегии журнала занимает публикация материалов научных конференций финно-угроведов. Так, в первом номере 1995 г. опубликовано 16 докладов, представленных на I Всероссийской научной конференции финно-угроведов, которая проходила в ноябре 1994 года в г. Йошкар-Оле. В сдвоенном номере журнала (№1–2) за 1998 год были опубликованы сообщения о финно-угорских коллекциях в музеях мира в рамках одного из проектов «Программы действий по поддержке родственных финнам народов России и их культур». Координаторами проекта выступили Национальный музей Финляндии и Общество М.А. Кастрена. В первых трех номерах журнала за 1999 год опубликованы материалы Международного научного симпозиума «Финно-угорский мир и ХХI век», который проходил в ноябре 1998 г. в г. Йошкар-Оле. В 2001 г. журнал опубликовал материалы VI Мирового конгресса по изучению Центральной и Восточной Европы, относящиеся к финно-угорской тематике, который проходил в июле–августе в г. Тампере (Финляндия). Опубликован 21 доклад ученых Финляндии, Венгрии, Эстонии и ряда финно-угорских регионов России.
В числе авторов журнала – ученые-финно-угроведы не только из финно-угорских стран и финно-угорских российских регионов, но и из многих других научных центров. Наиболее часто публиковались в журнале известные ученые И. Лехтинен, Х. Руотсала, А.-Л. Сиикала, А. Алквист (Финляндия), Х. Сарв, О. Курс (Эстония), К.И. Куликов, В.Е. Владыкин, Л.С. Христолюбова, А.Е. Загребин, Е.В. Попова, Т.М. Миннияхметова, М. Атаманов (г. Ижевск), Р.Р. Садиков (г. Уфа), Ю.П. Шабаев, Е.А. Цыпанов, И.А. Плосков, А.Н. Ракин, Г.К. Лисовская, И.Л. Жеребцов (г. Сыктывкар), Г.А. Корнишина, В.А. Юрченков, Н.Ф. Мокшин, (г. Саранск), Л.Ш. Арсланов (г. Елабуга), К.Н. Сануков, И.С. Галкин, А.Н. Куклин, Ю.А. Калиев, С.С. Сибатрова, В.В. Никитин, А.Г. Иванов, Э.М. Колчева, Н.А. Большова, Т.Л. Молотова (г. Йошкар-Ола) и другие.
В 2018 г. главным редактором журнала стала доктор исторических наук, главный научный сотрудник направления «Археология» МарНИИЯЛИ, заслуженный деятель науки Республики Марий Эл Т.Б.Никитина.
В 2020–2022 гг. главным редактором журнала была доктор филологических наук, профессор, главный научный сотрудник лаборатории междисциплинарных исследований МарНИИЯЛИ Л.А. Абукаева.
В настоящее время журнал возглавляет кандидат филологических наук, ведущий научный сотрудник направления «Лингвистика» МарНИИЯЛИ М.Т. Ипакова.